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聚乳酸-羟基乙酸共聚物测试——千亿QY88客户检测案例
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372 2022年3月20日，业务中心接到苏州某大学的客户有计算需求。接到反馈后，第一时间与客户进行详细沟通，情况如下：
客户背景
客户是苏州某大学的博士，其主要研究物质是聚乳酸-羟基乙酸共聚物（PLGA）、双草酸酯（CPPO）、二氢卟吩e6（Ce6），实验组：PLGA与CPPO复合后在水相形成千亿QY88球（约100 nm）千亿QY88球外层为水相，对照组：单纯的CPPO与Ce6的水溶液。通过对比实验组和对照组的实验结果，发现实验组的结构更加稳定，但对这个原理并不了解，因而想通过模拟的方法来达到探究实验组更加稳定的目的。
样品名称
聚乳酸-羟基乙酸共聚物（PLGA）、双草酸酯（CPPO）、二氢卟吩e6（Ce6）
客户需求
其研究目的如下：
1.实验组在模拟环境中，由于PLGA对CPPO的相互作用，体系维持稳定，CPPO可缓慢从PLGA中释放并与Ce6相互作用；
2.对照组在模拟过程中，由于CPPO的水溶性差，发生快速聚集，稳定性较差。
解决方案
软件用gromacs，力场用的GAFF2；
1.用基本结构去建模，然后产生力场文件，生成top；
2.按照比例放置分子数量和设置模拟盒子大小；
3.随后进行长时间的动力学模拟，观察其包埋状态，当其包埋好之后开始对其结果进行分析；
4，计算分子整个体系的SASA，相互间的距离变化；
5.分析分子间的接触数，最后会有从初始到结束的过程图片。
客户反馈
客户对数据结果非常满意，通过分子动力学模拟，结果能够非常好的契合其研究目的，模拟结果表明，包含PLGA分子的实验组体系中，由于PLGA与CPPO分子间的相互作用，导致CPPO分子与Ce6分子间的聚集速度减慢，形成千亿QY88团簇的时间变长。
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